Организовать структуру вложенных папок
 

Как лучше организовать структуру со вложенными папками и доступом к ним по группам в ад? Группы типа Папка1_Папка2_Папка3_Папка4_RO и Папка1_Папка2_Папка3_Папка4_RW как-то мало походят на бест практикс.

Вложением папок с разным уровнем доступа лучше не увлекаться.
На каждый ресурс создаёте группы вида

acl тип_ресурса ресурс права
acl fs записи_разговоров_КЦ RO - доступ на чтение и по ftp и по smb
acl fs шаблоны_договоров RW

в них уже лежали группы по административному делению предприятия:
dep callcenter - sales
dep callcenter - operators
dep callcenter состоит из групп в него входящих + руководитель (если администрация не была выделена в отдельную подгруппу)

либо по проектам с аналогичной вложенностью групп

А если всё таки нужны вложения или структуру нельзя упростить, то изучаем Dynamic Access Control (DAC).