В корне диска С: сами собой появляются какие-то файлы типа: аааааа, 5fgfd, без расширения, нулевого размера примерно раз в три дня. Может кто знает откуда они берутся. ?

Какая винда? и не используются ли досовские приложения?

Независимо от операционной системы (и 98 и ХР)...
Не используются...

После запуска и завершения работы каждой из используемых прог проверяй появились ли они или нет. Не запускай их параллельно

1.Убей файлы
2. Запусти filemon (sysinternals.com)
3. Поставь его писать протокол. В протоколе увидишь кто эти файлы создает.