Запустил программку, самую слабую ,и комп по 1,5-2 минуты открывает окно Winдуса (WinderComandera) ! Чё делать ?? Работал с регистрами ЦП!!

Бо идее програмно ты ничего из железа "убить не мог",
Полазь в настройках биоса (может кеш отключен),
Или чето с системой (Виндовой).
Посмотри нет ли чего лишнего в Автозагрузке.
Еще вопросы:
Че у тебя за система, остальной софт загружается также?

Это проблема NT/2000. В них ДОС-задача очень тормозит остальные приложения с таким же и более низким приоритетом. Надо запускать ДОС-программы с помощью START (команда, а не кнопка) и в параметрах указывать приоритет below normal. В 9X/XP такой проблемы нет.