Меня вот какой вопрос мучает, какие есть оптимальные способы представления файловой системы(структуры каталогов, файлов) в базе данных. Т.е. каким образом будет наиболее оптимально представить дерево каталогов в базе, чтобы скажем потом организовать быстрый поиск по базе

Хотя вопрос в общем-то теоритический, все равно Вы задаете его слишком размыто. Можно ответить так: храните информацию, полученную о каждом файле/каталоге с помощью (QFileInfo/CFileInfo/ fstat() ) в виде AVL-дерева. А можно так: храните внешнюю хэш-таблицу содержимого файлов без сохранения внутренней структуры каталогов. А можно... Я не издеваюсь, я хотел бы узнать, что конкретно Вам нужно. Поиск чего по базе? И на каком движке база (это уже практика, но все же важно)...