Вход на сервер под доменным админом не срабатывает скрипт подключения дисков
 

Проблема такая, если входить встроенным администратором то все работает, а если создать пользователя с правами администратора то диски скриптом не цепляет именно при входе на контроллер домена на остальных машинах все работает прекрасно.

А как реализован запуск данного скрипта?
Через групповую политику?
Попробуйте посмотреть результат групповой политики через rsop.msc

И какие адреса используются для сетевых дисков? Простые сетевые папки или дерево DFS?