USB-порты физически исправны, но в windows их нет и не работают.
 

1. С liveCD через USB все работает исправно
2. В биосе все включено
3. Все джамперы на месте
4. После очередной перезагрузки отказала мышь, как оказалось и все порты
5. Ни под одним пользователем они не появляются, так же и в безопасном.
6. В диспетчере пусто, концентратора просто нет.
7. При запуске они активны до загрузки оболочки, далее питание с них пропадает.

Переустановить невозможно, т.к их нет в диспетчере. Проблема явно в винде, но где "копнуть"?

Скидывал батарейку, без изменений.

1. Попробуй поставить драйвера на chipset.
2. Если windows 7 то вставить диск и в коммандной строке набрать sfc /scannow
Будет выполнена проверка на целостность сис. файлов
3. Попробуйте Driver pack с сайта http://drp.su/ru/
4. Если есть возможность сделать откат, сделайте на точку ранее созданную.

Feardelans,
дополнительно загрузите все обновления из Центра обновления Windows, в том числе и из категории Необязательные обновления.

и выполните в BIOS сброс настроек в состояние по умолчанию. перегрузитесь.
если у Вас Windows 7 проведите Автоматическую диагностику и устранение проблем с USB в Windows
покажите скриншот Диспетчера устройств - Вид - Показать скрытые устройства.

самая вероятная проблема, после обновления диспетчер выдал концентратор со знаками вопроса...но к тому времени
кончалось терпение и нужен был комп, а Служба VSS отказала работать и вообще по всем службам косяки пошли.
Пришлось менять винду. На том вопрос закрыт.