как вызвать бат-файл из веб-страницы?
 

Чтобы он не загружался и не открывался как текстовый, а исполнялся по щелчку мыши?

Без существенного понижения безопасности — никак.

Присоеденяюсь к ruslaw.
У нас в фирме есть мини портал, и хотелось бы запускать с него некоторые программы. Портал по сути - набор html страниц.
Возможно ли используя IE разрегшить выполнять скрипты, которые находятся в сети фирмы?

i-Lex, это несколько иная задача. Самое простое — разверните сервер WebDAV. Пример использования — «\\live.sysinternals.com\tools».