Acronis сохранять раздел 100 мб
 

После установки windows 7 со всеми приблудами, там есть системный раздел 100 мб. мне его бекапить акронисом или он не нужен?

Решайте сами:
Скрытый раздел System Reserved (Зарезервировано системой) в Windows 7 и Windows 8

Но если он уже есть и его не включать в образ, то после восстановления может не заработать.

Я правильно понял: загрузчики win 7-8 находятся на этом разделе и они оттуда грузятся.

Как бы это, вроде неправильно. По идее, загрузчики всех современных систем должны находиться в небольшом зарезервированном пространстве у начала жесткого диска, которое вообще в разметку на разделы не входит. Раньше оно (пространство) состояло только из MBR, сейчас этого не достаточно, и оно чуток побольше. Для загрузчиков 100 Мб - это зело жирно будет!