Как удалить ненужные темы в Windows 7?
 

Чтобы они больше не отображались в этом меню.

Удалил их физически из папки Resourses, но не помогло.

Нуцко, на вашем скриншоте показан раздел "Мои темы". Щелкните правой кнопкой мыши по любой теме и найдите в меню волшебный пункт.