При вставленной флешке загрузчик ругается
 

Была такая проблема - оставил в USB порту флешку , после перезагрузки комп ругнулся так:"Не удалось запустить Windows. Возможно это произошло из-за недавнего изменения конфигурации оборудования. " и предлагает вставить диск и восстанавливать загрузку. И добавляет:"Обнаружена ошибка взаимодействия с устройством подключённым к данному компьютеру. Причиной этой ошибки может быть отключение съёмного устройства хранения данных...... и далее в том же духе. Состояние 0х00000e9. Сведения: Возникла неожиданная ошибка ввода-вывода".
На мой взгляд так реагировать на флешку - ненормально. Но как бороться не понимаю.

Вполне нормально, если в BIOS на первом месте установлена загрузка с USB. А если при этом раздел на ней активный, вы как раз и будете получать такое сообщение.

На первом месте стоит загрузка с HDD потом CD ,а с флешки нет. А вот активный ли раздел на ней я не знаю.

В управлении дисками можно посмотреть, какой раздел - активный или нет.