Как узнать, какая программа назначила эти горячие клавиши?
 

В Opera нажимаю CTRL+F12 (вход в настройки), и компьютер выключается. Очевидно, что другая какая-то программа назначила выключение компа по этой комбинации. Как узнать, какая программа?

Не факт........ для начала посмотрите логи, не происходит ли перезагрузка по причине ошибок.
Отключите перезапуск, при ошибках.

Изначально отключен.

Указанную комбинацию пробовал нажимать и при запущенном браузере, и уже выйдя из него. Комп выключается и в том, и в другом случае.

в безопасном режиме этот хоткей работает?

если не работает , значит перехват хоткея работает только при запущенной программке, и искомая програмка прячется в автозагрузке - искать там.

если работает - то проверить может при нажатии на CTRL F12 нажимается что то совсем другое?
Например многие китаёзные клавиатуры имеют т.н. "office mode" в котором клавиши F1 - F12 творят всякие непотребства.

в любом случае, при переназначении клавишь должно помочь опция "ничего не делать" в стандартном диалоге настроек электропитания