Можно ли отключить куллер
 

Подсоединен дополнительный куллер на заднюю панель корпуса. Питается от какова-то разъема на материнке (asus m2n-x) можно ли его каким-то программным способом отключать?

1.Если можешь снять крышку и залезть в системник то,просто отследи куда ведёт провод и вытащи его,с технической стороны сделать это сможет каждый (провод желательно засунуть куда подальше,иначе не дай бог с ним захочет познакомится куллер на радиаторе)
2.Можно отключить его через BIOS, но это зависит какая у тебя материнка. Но скорее всего у вас он подключен к разъему - 2nd_Fan иил Cha_Fan, ими BIOS не управляет,ну это чисто мои предположения.

Проще реобас простенький использовать, чтобы управлять вентилятором оперативно, вплоть до его отключения.

sЧто такое ребоас? Можно поподробнее.

Эта статья например описывает подобное устройство. Хотя бывают и попроще, регулирующие обороты только одного вентилятора.