Скрытые команды через Shift и ПКМ
 

Возможно ли некоторые команды , к примеру "Открыть окно комманд" сделать всегда видимым , а некоторые же убрать под Shift и правая кнопка мыши ?

Andreyua, Запусти в реестре поиск по слову Extended. Будет найдено около 300 совпадений,
из которых надо выбрать такого типа (выделено):
HKEY_CLASSES_ROOT\batfile\shell\runasuser и
HKEY_CLASSES_ROOT\cmdfile\shell\runasuser.
Параметр Extended отвечает за ПКМ при нажатой SHIFT.
Останется экспериментальным путём выяснить возможность сокрытия\показа пунктов контекстного меню.

HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\cmd
Если тут убрать ключ extended - "Открыть окно команд" станет видымым если нажать ПКМ в любом месте папки.
Дальше исследую :type:

Не разобрался правда, как скрыть команды Windows Media Player , возможно ли это или их надо удалять ?

Andreyua, есть куча бесплатных программ, которые облегчат копание в контекстном меню:
Fast Explorer 2008
ShellMenuView
ShellExView