Время от времени полностью загружается CPU
 

Нечасто но сталкиваюсь с такой проблемой как например не давно при перемещении файлов объемом 28 Гигов с диска на диск (а сидели они на одном шлейфе АТА IDE) загрузка процессора стала 100% и на 3 часа работа на компе остановилась( шел только перенос файлов). А теперь вопрос. Есть такие программы чтобы можно было ограничить загрузку процессора( я имею ввиду не общую а отдельно по процессам чтобы любой из процессов не занимал ну допустим 60% мощности процессора).

optima22, что-то типа FreeRAM XP Pro ?

Может один из каналов IDE находится в PIO-режиме? Посмотрите в диспетчере устройств.

Я это привел для примера. Бывает и некоторые программы тоже дают загрузку на 100% что даже системные часы замирают.

Памяти у меня хватает.

Вообще-то, если с железом и настройками используемого софта все нормально, то загрузить проц на 100%надо еще очень постараться. Даже очень ресурсоемкие процессы, типа рендеринга 3d или перекодирования видео, и то не грузят "в мертвую" процессор.
Видимо в вашей системе что-то не так. Надо искать причину такого поведения процессора, а не "лечить ангину через задницу" :)
Тем более, что