Часть загрузочных файлов на другом диске.
 

Переустановил с нуля систему. И почему-то, часть загрузочных файлов лежит на диске D, а не на С, как нужно
Вот эти.
Если их перенести, разумеется при загрузке будет NTLDR is missing
И часто бывает, начинаешь винду переставлять, а диск D становится диском С, а диск С наоборот диском D. Помогает только загрузка с live cd, удаление диска С, и отметкой на Сделать раздел активным. Тогда при перезагрузке становится все нормально.

Подскажите пожалуйста, как это все обойти нормально и навсегда. Спасибо.

Вы уже сами себе ответили Загрузочные файлы всегда располагаются на активном разделе, а на жестком диске только один раздел может быть активным. Значит вам надо просто не помечать другие разделы активными.

Да, но надо как-то убрать активность с диска Д.

Активный раздел можно поменять например acronic disk director а затем загрузиться с консоли восстановления и там выполнить fixmbr и fixboot.

Думаю, что можно прямо в консоли с помощью diskpart пометить нужный раздел активным. Проверить, поддерживаются ли все его параметры в консоли, мне не на чем сейчас, но примерно так должно выглядеть
N - номер диска, который нужно пометить активным.