Подскажите как можно убрать шумы из некачественного аудио файла?

Шумы - понятие растяжимое. Какой природы шумы? Если это постоянный шум (типа шума магнитной ленты), то Вам нужно воспользоваться спектральными шумодавами, типа Waves Z-Noise или Voxengo Redunoise (сначала скормить плагину образец шума, потом пройтись по всему файлу).

Если присутствуют импульсные наводки (не постоянные), то можно посоветовать Waves X-Click или RenoVator