Запуск программ:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
У меня еще какой-то HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx есть, даже не знаю что это, но наверное это не по теме
Ну и плюс "Автозагрузка" из меню Пуск пользователя и
All Users.
Службы есть в разделах
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services
и
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet###\Services.
Но будьте осторожны!
Вот пример перевода службы
helpsvc в режим
Вручную:
Код:

Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\helpsvc]
"Start"=dword:00000003