[xoxma81]

Из личного опыта, так сказать моё IMHO
Сначало делаю как в статье Office 2003 - метод точки административной установки Этап 1 и Этап 2
Далее а именно по структуре папок буду исходить именно отсюда.
Папка Office2003 (вернее то что в ней) ето уже и есть наш исходный дистрибутив уже с интегрированым СП3, и он административный.
Папка Office.AIO пустая, в ней после интеграции обновлений будет обновленный PreSP4 дистрибутив упакованый в каб архивы как оригинальный.
Папка Updates заполняется обновлениями, скачаными из интернета office2003-KBXXXXXX-FullFile-RUS.exe
Папка MSP при работе интегратора будет заполнятся распаковаными обновлениями *.msp
Тоесть в папке Applications будут папки Office2003 Office.AIO Updates MSP и папка ReMake3.b4 в которой находится интегратор.

Путь к распакованным обновлениям - это то, что я распакую из PreSP4?

Да, вот только будет ли оно интегрироватся я не знаю т.к. не пробовал. И извлекать не все файлы а только обновления которые относятся к 2003 офису.
FileFormatConverters, Office 2003 Web Components с ихними обновлениями туда не совать.