[DVDshnik]

Есть ли смысл фрагментировать такие HDD?

Хм. Фрагментируется он сам по себе, в процессе нормального функционирования.
А дефрагментатор если запустится, пускай поработает. И если степень фрагментации от этого уменьшится, то хуже стать не должно.