Вот так:
Код:

ReadRegStr $0 HKLM "Software\MyProgram" "SetupPath"
IfErrors 0 noerror
DetailPrint "Ключ не существует!"
Goto EndCheck
noerror:
DetailPrint "Ключ существует, значение SetupPath=$0"
EndCheck:
....продолжение кода скрипта
или
Код:

ReadRegStr $0 HKLM "Software\MyProgram" ""
IfErrors 0 noerror
DetailPrint "Ключ не существует!"
Goto EndCheck
noerror:
DetailPrint "Ключ существует!"
EndCheck:
....продолжение кода скрипта