Конечно все может быть все так и сделано, только вот например в утилите Vista Maneger данная опция
Cancel scanning disk during startup если ее включить делает то же самое т.е.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet\Control\Session Manager
BootExecute REG_MULTI_SZ
Советую еще раз проверить свои действия, возможно какая-то в них путаница.
начнем с конца
-1- ПК выключился и пометил диск как "грязный" (это получилось ну малоли из-за чего - диск сбойнул, на нем есть неоконченные процессы или изменения, из-за того что ПК был выключен/или выключился до того, как произошли изменения на диске).
-2- при старте считывается переменная BootExecute в которой стоит команда на запуск "autocheck autochk *" (по умолчанию) она проверяет данный флаг на установлен он или нет, если да то запускается "chkntfs /f"
(внутри данного файла autochk.exe - если внимательно просмотреть содержимое внутри то можно найти строчки про
...chkntfs...)
В секции BootExecute могут быть и другие команды
http://support.microsoft.com/kb/218461 и
http://support.microsoft.com/kb/1609...1&PA=1&SD=HSCH
/P \??\Volume: - Schedules an unconditional Chkdsk against the volume
/p \??\VOLUME{GUID} - Schedules an unconditional Chkdsk against a volume mount point
/k:Volume * - Excludes Chkdsk from running against the volume
/m \??\Volume: - Tells Autochk to look only at the dirty bit on the volume, and if set, run Chkdsk
аналог команд chkntfs
Chkntfs G: /C ------ Autocheck autochk /m \??\G:
Chkdsk C: /F ------- Autocheck autochk /p \??\C:
Chkdsk C:\mountpoint /F ---- Autocheck autochk /p \??\VOLUME{GUID}
Chkntfs D: E: /X --- Autocheck autochk /k:D /k:E *
-3-но обратить внимание вот на что
Утилита Fsutil - используется для выполнения задач файловых систем.
Одна из команд данной утилиты есть dirty - Запрос установки "грязного" тома. Задает "грязный" том. Когда установлен "грязный" том, autochk автоматически проверит том на наличие ошибок при следующей перезагрузке компьютера.
Команда "chkdsk /f", запускаемая autochk.exe при обнаружении на диске метки "dirty" должна данную метку снимать.
Можно провести эксперимент, воспользоваться отложенной задачей "chkntfs /T[:время]" в секундах, перед перезапуском или выключением ПК через cmd.exe запустить ее (или так же можно воспользоваться chkntfs /X том: [...] том может быть один или список C: D: E

.
Сразу после включения проверить на "fsutil dirty query C:" (но если диск не один, то и другие)