E-mpty,
1. Поместить ярлык к программе в папку %HOMEPATH%\Главное меню\Программы\Автозагрузка или же:
2. Применить следующий твик реестра:
Код:

Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
"rockdock"="C:\\Program Files\\Rocket Dock\\тут_имя_файла"