Вот-вот. А если еще исходный файл преобразовывался несколько раз? К примеру, cp1251 -> koi8-r -> iso8859-5 ->dos 866?
Кстати, попробуйте iconv -f cp1251 -t koi8-r source.html > destination.html для украинского source.html
Хотелось бы знать - есть-ли под Линух что-то посерьезней, типа Штирлица?