[iTUX]

тоже столкнулся с такой же проблемой

решилось следующим образом (на примере Microsoft .NET Framework 1.1):

по конфигу WPI происходит запуск netfx1.cmd, который находиться в том же каталоге, что и дистрибутив .NET Framework, который представляет собой SFX архив, созданный при помощи WinRAR

cmd1[pn]=['"%cdrom%\\wpi\\install\\winupdate\\netfx1.cmd"'];

структура netfx1.cmd

cmdow @ /HID
@echo off
echo.
for %%i in (C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z) do if exist %%i:\WIN51 set CDROM=%%i:
set wpipath=%CDROM%\wpi
echo.
start /wait %wpipath%\install\winupdate\netfx1.exe
echo.
exit

Таким образом WPI запускает SFX архив, который после распаковки в tmp запускает скрипт autoIT, скрипт запускает установку программы, а WPI покорно ждет и не переходит к следующему пункту