Не знаю именно когда происходит такой сбой, но у меня замечено, что при полностью забитом носителе, сортировать, менять содержимое папок, переименовывать, дифрагментация и другие действия с большим количеством файлов может привести к сбою индексов файлов (индесы базы данных файловой системы, блин не знаю правильной формулировки), что само по себе может и не очень опасно и лечится штатными проверками, но при запущенном состоянии приводит к смешиванию содержимого файлов (замечено на mp3 и jpg, часть одного файла, часть другого в одном файле, некоторые не могут удалится, некоторые прочитаться.....
ссылка битая, а была нормальная, а программа не дифицит, можна и в другом месте взять.
Есть покруче софт, но с ним нужно повозится (чем круче инструмент, тем больших навыков требует, тем больше можна зделать как хорошего, так и плохого

)
Ссылки не даю, наверное уже все у меня они древние, ищите сами
название проги :
Flashnul, есть много версий, последняя, которрую я знаю - 0.9
вот примерно, что пишут о ней:
Flashnul - Программа, позволяющая произвести диагностику и исправление программных ошибок Flash накопителей. Сменные носители на базе flash-памяти (такие как usb-flash drives, SD, MMC, MS,XD, MD, CompactFlash, etc) в силу ряда особенностей (hot-plug подключение, воздействие статики, влаги, температуры, механических воздействий при траспортировке, естественный износ из-за ограниченного числа циклов чтения/записи) относительно часто выходят из строя.
И если простые дефекты вроде "не определяется", "ошибки записи" обнаруживаются относительно просто, то диагностика более сложных дефектов представляет из себя весьма нетривиальную задачу. Для решения этой задачи и была создана утилита flashnul.
Ламануть с ней запросто, можна и жесткий диск вместо флеша форматнуть, так что осторожно!