Если настраивал редактированием файла /etc/X11/XF86Config, то там же необходимо прописать вариант раскладки winkeys (точно не помню - либо в Option "XkbVariant", либо в Option "XkbOptions"
. Если делал через KDE, его стандартными средствами, то поставь там в поле Variant - winkeys.
