janpit, обычно, в системе два нумерованных раздела ControlSet - ControlSet001 и ControlSet002. Они отражают текущую конфигурацию и последнюю удачную (Last Known Good Configuration). CurrentControlSet просто указывает на конфигурацию, которая использовалась при последней загрузке компьютера. Так что все "лишние" разделы можно удалить без какого-либо вреда для ОС.
Я затрудняюсь сказать, в чем причина размножения. Возможно, у вас какие-то проблемы с загрузкой и система создает копии. Приведите ошибки из журнала событий в соответствии с
этими инструкциями.
Можете также привести конфигурацию служб к стандартной
http://www.oszone.net/2517/
Рекомендую провериться на вирусы - выложите логи в соответствии с
этими инструкциями в форуме Лечения.