Punto,
Все дело в том, что при создании админ. точки
setup.ini берется не из
FILES\SETUP, а из CAB-архива, а там он соответственно родной Microsoft'овский.
Но выход есть

В настройках есть пункт
Код:

;Позволяет добавить/изменить перед запаковкой файлы в дистрибутиве
;Можно использовать, например, для интеграции русификатора Visio
Add=..\Add
В эту папку
ADD можно положить любые файлы и они появятся в дистрибутиве
до запаковки! Так можно подменить и
setup.ini. Чтобы это сделать надо создать в папке
ADD подпапки
FILES\SETUP и добавить туда требуемый
setup.ini. Если после этого сделать админ. точку из полученного дистрибутива, то в ней уже тоже будет не родной
setup.ini, а измененный.