Envel, так я вот что думаю: если ~ расшарен для виртуальной машины, то вирус, активированный под виртуализированной windows сотрёт содержимое домашнего каталога. Или нет? Думаю, что всё-таки сотрёт.
Но вот через ftp связь организовывать... Хм... Это уж слишком

Пожалуй, можно монтировать каталоги только на чтение.