[Blast]

Первый вариант расположит ярлык программы и ее папки, которые не в Program Files, а например Application Data не в папку вашего профиля - "С:\Documents and Settings\Имя_пользователя", а в папку, которая работает для всех пользователей компьютера - "С:\Documents and Settings\All Users"
Соответственно на раб. столе ярлык программы будет у всех пользователей, в меню Пуск запись будет у всех, записинастроек в реестре (возможно) тоже будут для всех и будут записаны в HKLM, а не в HKCU