[amel27]

Но ведь БАТник не может инициализировать команды под Виндой потом ее выключить и продолжить выполнение этих команд. Или я ошибаюсь?

ну... способов можно много насочинять, главное чтобы батник имел возможность сохранить свое состояние перед перезагрузкой (к примеру, на жестком диске), после которой распознать состояние и продолжить, например:

Код:

@Echo Off
If Not Exist %~n0.ini Echo STATE=0 >%~n0.ini
For /f "Delims=" %%i in (%~n0.ini) Do Set /A %%i+0
If %STATE% EQU 0 (
	Call :PreBoot
	Echo STATE=1 >%~n0.ini
	Rem shutdown -r -f -t 0
)
If %STATE% EQU 1 (
	Call :PostBoot
	Echo STATE=0 >%~n0.ini
	Rem shutdown -r -f -t 0
)
Exit

:PreBoot
	Echo Тут команды ДО перезагрузки.
GoTo :EOF

:PostBoot
	Echo Тут команды ПОСЛЕ перезагрузки.
GoTo :EOF

З.Ы. Кстати, если состояние реестра сохраняется между перезагрузками - как альтернативу можно использовать ветку реестра "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx", команды которой выполняются и удаляются последовательно, а неисполненные ждут своей очереди независимо от количества встретившихся перегрузок.