Из
RunOnceEx не запустится, так как нужна регистрация под пользователем.
GuiRunOnce уже лучше, но чтобы наверняка можно добавить в начало скрипта
SLEEP или условие ожидания, например до появления панели задач:
Код:

AutoItSetOption("WinTitleMatchMode", 4)
WinWait ("classname=Shell_TrayWnd")