[IRV]

Condar
Как это не удивительно, но и в данном случае вполне может оказаться виновато питание. Лично у себя наблюдал как сглючил БП и система стала перманентно медленно работать, видимо где-то от сбоя питания что-то аппаратное на мамке стало глючить, и даже таймер виндовый в несколько раз медленнее работал. Против этой версии говорит лишь то, что спасает софтовая перезагрузка... впрочем, вероятность что виновны конденсаторы на мамке сохраняется.
Ещё раз по поводу режима винта: он был UDMA6 уже во время торможения?
Получалось ли отловить торможение например в чистом Досе или сетапе Биоса?
Выдерни старую планку памяти и макстор-винт, и оставь из IDE-устройств только один винт, сначала квантиум, потом макстор, и в каждом из случаев посторайся добиться начала торможение. Удалось при всех раскладах?