Ну либо
Запуск программ от имени другого пользователя либо RegMon + FileMon = отслеживание веток реестра и папок/файлов к которым обращается программа и раздача на них прав этому самому пользователю, честно говоря вариант с runas удобнее в разы, если приемлим конечно.