[Razard]

Как вариант можно попытаться проверить, какой из процессов фигней мается. После загрузки (спустя время, за которое ты уверен, что все службы отработали и запустились/остановились) в TaskManager - посмотри, кто систему грузит. Не поможет - отключай по одной службы в Управлении Компом. Если и это не поможет определить виновника - скорее всего трабл в менеджере памяти. Тогда только переустановка...
Можно еще провести аудит на доступ к диску, но это очень трудоемко и врядли поможет (установить аудит на использование диска или файла - запись в системный журнал).