В принципе, можно регистрировать через reg.exe add, но тогда проблемы с Win2k. Я именно так обысно и делаю (если быть точнее, то я сделал это только один раз - когда так же переделывал автоинсталл TaskSwitchXP).

Насчёт автозауска - а если %programfiles% != c:\Program files?