[bigvax]

Я, в течении последних нескольких месяцев, собрал уже более десятка, вполне работоспособных дистрибутивов следующим методом.

1. Накатываем UpdatePack
2. Накатываем nLite, в которой выбираем ТОЛЬКО режимы "Удаление Компонентов" и очень изредка "Настройки" и "Твики" - других разделов даже не касаемся.
3. После этого вручную удаляем директории: DOCS, DOTNETFX, SUPPORT, VALUEADD, I386\WIN9XMIG, I386\WIN9XUPG, I386\WINNTUPG
4. Затем копируем $OEM$ - с давным давно уже вручную подготовленными cmdlines.txt, *.reg и прочими привычными мне настройками и компонентами.
5. Ну и на последок - копируем также давно заране вручную подготовленный I386\WINNT.SIF
6. Собираем образ - и enjoy...

Т.е. nLite используется практически только для удаления лишних (с моей точки зрения) компонентов Windows. Все основные твики системы были подготовленны мной в свое время вручную и пускаются из $OEM$\cmdlines.txt.
И если-бы, я не ленился и слепил какой-либо bat/cmd/btm для корректного и непротиворечивого вырезания из дистрибутива Виндов таких лишних (с моей точки зрения) монстров как: Знакомство с Windows, Movie Maker, MSN Explorer, Windows Messenger и пр. - то я бы вряд-ли использовал-бы nLite.
Но тем не менее использую совместно с UpdatePack'ом - и все вполне работоспособно.