[Pliomera]

Ну и в чем проблема-то? Стандартная функция СЧЕТЕСЛИ("диапазон","критерий").
Пусть в столбце A - 15 тыс. записей, в столбце C - 18 тыс. записей.
Столбцы B и D будут служебными.
В ячейке B1 пишем формулу: =СЧЕТЕСЛИ(C$1:C$18000, A1) и протягиваем ее до ячейки B15000;
В ячейке D1 пишем формулу: =СЧЕТЕСЛИ(A$1:A$15000, С1) и протягиваем ее до ячейки D18000;
Фильтруем поочередно столбцы B и D по нулевым значениям через автофильтр, и получаем набор уникальных значений для каждого набора записей. Пользуемся фишкой "выделить только видимые значения" и копируем дважды выделение на новый лист. Это будут уникальные значения.
Для вывода повторяющихся значений фильтруем любой столбец (B или D) по значению 1.