Buyan
Я ошибочно в коде двойные %% указал. Должно быть достаточно одинарных. Но если с ними не работает, то можно попробовать REG_EXPAND_SZ, чтобы переменная преобразовывалась в путь.
themes.cmd
Код:

@echo off
REG ADD HKCU\Software\WinRAR\Interface\Themes /V ShellExtBMP /T REG_EXPAND_SZ /D "%%ProgramFiles%%\\WinRAR\\Themes\\WinRAR_XP_64x64" /F
REG ADD HKCU\Software\WinRAR\Interface\Themes /V ActivePath /T REG_EXPAND_SZ /D "%%ProgramFiles%%\\WinRAR\\Themes\\WinRAR_XP_64x64\\RarSmall.bmp" /F
exit