Xcode
Я делал так: все инклуды положил в отельную папку (с именем "includes" соответственно

), и в эту папку также положил .htaccess файл с одной строчкой "deny from all". И прописывать не надо много, и красивая структура файлов.
А на конкретный файл:
PHP код:

<Files 'file_name'>
order allow,deny
deny from all
</Files>
Кстати можно ещё запрещать по маске, например все файлы с окончанием .jpg
Я просто сам это забыл