[vadimiron]

Однозначно разбивать по файлам.
Сейчас в основе своей сервера достаточно мощные, чтобы справиться с инклудами.
Я разбиваю как по функциональности, так и пытаюсь (насколько это возможно) отделить генерацию контента от дизайна