Grenky
В твоем варианте директория Install не удалится, потому что файл COMPANY1.cmd в ней.
В секции GUIRunOnce можно указать несколько команд.
Поэтому я и предложил:
Код:

[GUIRunOnce]
command1 = "%SystemDrive%\Install\COMPANY1.cmd"
command2 = "%SystemRoot%\system32\Cmd.exe /C RD /S /Q %SystemDrive%\Install\"
Совершенно лишний пост.. На самом деле все прекрасно удаляется.. Нечаянно ввел в заблуждение Vadikan'а :)