VirtualDubMod может, формату всего два года, но возможностей море. к томуже он расширяется без проблем (например в ближайшую неделю в нем введется поддержка субтитров формата USF , ни в каком другом контейнере они находиться немогут)
в VirtualDubMod выбери \Save As\ *.MKV
для просмотра нужен все тот же медиа сплиттер от Haali
http://haali.cs.msu.ru/mkv/MatroskaSplitter.exe (284KB)
а для объединения потоков рекомендуется использовать прогу mkvtoolnix
http://www.bunkus.org/videotools/mkv....4.2-setup.exe (2.8MB) там возможностей гораздо больше чем у VirtualDubMod