[Fighter]

при чем здесь политики и настройки 2003 если вы используете в роли интернет сервера
отдельную линуксовую машину? соотв. в настройках клиента (браузера) прописываете адрес прокси squid`a
линуксовой машины типа IP_Linux_server:Port к примеру 192.168.0.1:3128
в настройках сетевого подключения опять же клиента вы указываете
DNS (еще раз справшиваю, вы ведь установили его с АД?) + шлюз
(ранее я так понимаю там указывался ip 2003 с UserGate)
но сейчас то гейта нет, и шлюзом выступает линуксовая машина...
до сих пор вроде все ясно...
тепер DNS, до подьёма АД предполагаю, что его не было (на 2003)
и вы в качестве ДНС на внешней сетевой карте 2003сервера указывали ДНС провайдера (так?)
но АД не функционирует без ДНС него, и при установке последней зацепили и его,
соответственно как предположение и происходит такой бардак и ваш ДНС на Вашем 2003
сам пытается разрешать имена хостов, но так как (еще одно предположение) вы прописали
на 2003 в сетевом интерфейсе шлюзом линуксовую машину она вас ессесно шлёт...
во навертел...