[sov44]

Как такое возможно, почему так и как это исправить? »

Скорее всего системная программа PDFXEdit.exe находится в директории System32 (SysWOW64) или прописана в Path. Укажите явный путь для запускаемой из sfx программы

Код:

RunProgram="%%P:%%T\\PDFXEdit.exe"