[Alexey99]

Ок попробую, но рассинхронизация происходит еще до кодирования.

В VirtualDub кодирую отдельно видео без звука (сначала обрезаю рекламу в начале фильма и титры в конце фильма), затем выбираю Audio >> Source Audio и затем Save WAV. Записывается кусок звука в оригинальном AC3. Здесь и возникает рассинхронизация.

Т.е. если в Dub вставить кодированный файл и получившийся AC3 файл - уже будет рассинхронизация...