Поддержу мнение предыдущего товарища на счет осторожности с обновлениями, особенно прошивок. "Работает - не трогай!" и "лучшее враг хорошего" - правила написанное кровью и слезами поколений сисадминов
Предположу, что время от времени операционной системой или какой-то программой с жесткого диска запускается какой-то файл. За это время диск успевает "заснуть", в результате он просыпается, пару секунд раскручивается, на это время все замирает, как только он проснулся - работает дальше.
Решение этой проблемы - либо определить что это за файл и отменить его запуск (или перенести на SSD) или отменить спячку жесткого диска, пусть всё время крутится. Отмена спячки производится в настройках дополнительных параметров плана электропитания, можно поставить там минут например 300 - да и всё.
С файлом всё сложнее, найти его будет проблемно наверное. Одна из версий: можно глянуть файл подкачки. Если он на жестком диске, то или перенести его на SSD или задать ему фиксированный размер.
