[mwz]

ведь я так понимаю, что это каждый файл на выходе получится страшно фрагментированным? »

Кто вам сказал такую чушь??
Windows, получив команду на копирование файла, смотрит его размер и выделяет [по возможности] непрерывное место на получателе (выполняется это практически без затрат времени: просто отмечается, что эта зона занята для всех кроме того процесса, который осуществляет копирование сюда конкретного файла). И так для каждого файла. А затем пишет файлы в уже "огороженные" места, каждый в свой подготовленный загончик — получая из записываемых фрагментов непрерывные нефрагментированные последовательности.

Это относится именно к копированию (и переносу как к частному случаю копирования: с последующим удалением источника): при упаковке архивов результат может быть действительно сильно фрагментирован, поскольку заранее определить объём, необходимый для размещения архива, невозможно.

Распаковка же архивов может происходить по любому из этих двух сценариев, в зависимости от алгоритма работы архиватора: или он сразу сообщает системе, сколько места под какой файл выделить — или даёт запросы не на файл целиком, а на текущие распаковываемые куски; и во втором случае собранные файлы будут фрагментированы, поскольку не дело операционки отслеживать логику сборки файлов.

А периоды простоя компа не допускаю - или в сон, или начинаю с ним работать. »

Даже, пардон, в туалете с ним работаете? И обедаете за клавиатурой, и по телефону разговариваете не отрывая руки от неё?