Итак, поставил чистую ось на SSD (в разъем для жесткого), все заработало. Потом и HDD из кармана определился и даже при выборочной загрузке (у меня F12) можно выбрать с чего загружаться - SSD или HDD (загружается и с того и с того, вот только в Биос в Boot Mode есть только Windows Boot Manager, HDD и проч, конкретно SSD нет).
В общем, доволен, буду теперь настраивать чистую винду и ставить проги. Клонировал потому что хотелось увидеть резкий контраст между HDD и SSD в текущем рабочем пространстве. Но придется сделать это плавно)
В качестве вывода - прога Transcend скорее всего не копировала важные для работы системы разделы диска, а только системный, поэтому не работало. Из-за этого у меня эти пляски заняли очень много часов и немного здоровья( Большой минус за это фирме. А качество диска посмотрим на практике, вроде хороший для пользователя с не очень большими нуждами. Особенно после HDD 5200.

Всем спасибо и успехов! Хотя, наверняка ещё будут вопросы)