[Queen Black]

Могут быть глюки с видеокартой. Проверь работоспособность системы с другой (если есть такая возможность).

Это началось сразу после установки 2000 или после некоторого времени работы?
Винчестер NTFS или FAT? (На NTFS работает быстрее)
Сколько оперативной памяти? (должно быть не меньше 128Мб)
Какой размер файла подкачки? (около 2.5*RAM)
Диски фрагментированы?

Установить родные драйверы материнской платы
Проверь винт Scandisk-ом на наличие bad-ов.
Если NTFS - сними с винтов галочку Allow Indexing Service to index this disk for fast file searching (Быстрый поиск файлов). Будет быстрее работать.
Проверь в Device Manager (Диспетчер Устройств) свойства IDE Channel-а должно быть Transfer Mode - DMA if Aviable если винт достаточно новый...
Выключи службы, которые не используются, те которые не знаешь - поставь в режим Manual запуска

Почисть реестр... и temp-ы.